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医院的主要责任人是医院的管理者，内部控制的实施者和具体执行者则是财务部门。完善医院内部控制制度主要是为了明确医院各部门和人员的职责和权限，从而联系和约束医院的各项业务，实现平等对待和明确奖罚。
而如何规范新医院会计制度的管理，提高工作效率，保证医院健康有序的运营和发展，是许多管理者头疼的问题。
医院在实施会计制度的过程中需要先进的信息系统的大力支持，医院的信息化管理可以提高医院的会计核算水平。
然而，从实际情况来看，许多医院并没有建立起先进信息管理系统，也没有及时的升级和完善会计信息软件。这将直接导致在新医院制度下相关数据不能做到很好的链接，大量的会计数据也会受到许多方面的限制。
目前，医院服务管理涵盖到每个患者中都难以实现，这也促使患者对医院的服务质量有所失望。现实与期望的差距，使医院与患者之间对薄公堂与诉讼的情况也时常出现。
而新医院会计准则对于医院败诉这样或有支出核算并没有做出详细的规定，这导致医院财报难以反映潜在的财务风险。
现阶段很多医院存在大家各司其职，部门之间缺乏沟通与联系，没有把内部控制制度贯穿到医院事前、事中、事后的正常运营中。
这使得医院建立的相关内控制度缺乏连贯性和科学性，往往在违纪事件发生后才尽力补救或采取惩罚措施，无形中增加了内控的成本。
还有的医院只注重采购、付款、货币资金等微观方面的内控，对于内控环境、内控监督和评价、财务风险评估等宏观方面内控缺少相关制度的制定。
新会计制度颁布实施后，对医院会计人员的素质水平也提出了较高的要求。
由于旧医院会计制度的长期影响，医院会计人员无法及时改变实施新医院制度的思维方式，没有做好新旧会计医院的衔接工作。
这导致了新医院会计制度在执行过程中存在着滞后，没能将新医院会计制度的作用发挥到最大化。
新医院会计制度的规范执行离不开医院会计信息系统的规范化建设，医院要重视会计信息化管理，提高医院会计电算化水平，实现会计精细化管理。
同时，为了跟上科学技术的发展，医院在实施新的医院会计制度时应及时升级会计软件，并根据医院的实际情况自主研发适合自身发展的会计软件，实现医院内部会计信息的共享。
预提准备医疗纠纷事故，核算制度在医疗赔偿费用中明确，财务风险及时分散，科学的分析存在的风险程度在每项医疗纠纷事故中，医院应根据历史经验，预估医疗事故中的赔偿金额及相关比例，以提前做好相关风险防控工作。
在现今信息化建设高速发展的局面下，医院也要借此良机，全力建设功能完善的网络信息系统，加快信息化建设的推进步伐，用于满足医院日常的经营管理和临床服务的全方位需要，进一步加强和完善内部信息建设。
医院是一个整体，需要全体人员共同的经营和管理，特别是在新医院会计制度改革和新医院会计制度实施的过程中，需要医院医务人员积极有效的进行执行，保证执行的效力，特别要关注人为的因素，因为人是一起活动的执行者和实施者。
坚持以人为本，保证财务人员的职业素质和道德素养，才是逐步提升内部管理的关键，在培训上逐渐提高医院会计人员的业务素质水平，特别还应该建立完善的奖惩措施，对相关人员实施有效的监督。
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